Biyoinformatik/Dizi aramaları ve hizalama

İlgili alfabenin bir harfli kod stringini anladığımız bir dizi (DNA, RNA, polipeptit) elde ettiğimizi varsayalım. Bu dizi sorgu dizisi dediğimiz şeydir, depolanan dizilerle karşılaştırmak veya referans dizilerle hizalamak istediğimiz girdidir. Bir arama aracı bu stringi ayrıştırır ve her sorgu/referans harf çifti için puanlar verir. En yüksek puan karşılaştırması, arama veya hizalama aracı tarafından belirlenecektir. Aslında aramanın kendisi bir hizalamadır. Eğer aramanın hızlı ve kirli olması gerekiyorsa, sezgisel bir arama kullanırız, bu da hizalama algoritmasının karmaşıklığını azaltmak için çeşitli varsayımlar uyguladığımız anlamına gelir.